Mi estancia de investigación en la Universidad de Basilea (Suiza), bajo la supervisión de la Dra. Anja Kusch y el Dr. Saulius Žuklys en el laboratorio del Prof. Georg Holländer, me permitió utilizar aproximaciones experimentales novedosas para abordar los objetivos de mi proyecto de tesis doctoral, centrado en el estudio del papel de la señalización de Notch en la biología de las células epiteliales tímicas (TEC) y su implicación en la involución del timo durante el envejecimiento.

Durante de este periodo, utilicé métodos optimizados para el aislamiento de TEC, basados en la combinación de digestión mecánica y enzimática del tejido tímico, seguidos de un enriquecimiento celular mediante selección inmunomagnética automática con AutoMACS. Este procedimiento me permitió obtener con gran eficiencia poblaciones enriquecidas de TEC, para su posterior separación mediante cell sorting por citometría de flujo en subpoblaciones específicas, representativas de diferentes estadios madurativos. Las muestras resultantes se procesaron para diferentes aplicaciones de secuenciación de RNA, lo que amplió mi experiencia en el manejo de muestras complejas para la realización de estudios transcriptómicos. Además, tuve la oportunidad de emplear paneles de marcaje de citometría de flujo espectral, que permiten la identificación de subpoblaciones específicas de TEC para explorar su diversidad funcional con mayor resolución.

En paralelo, también me formé en el uso de la tecnología de microscopía multiplexada CODEX, una herramienta innovadora para el análisis espacial del tejido tímico. Utilicé esta técnica, para analizar imágenes de muestras de timo estratificadas por edad de un modelo de ratón knock-out condicional para la señalización de Notch en TEC, en el que nuestro grupo había descrito una aceleración del proceso de envejecimiento e involución tímica, en comparación con ratones wild type.